計算化学ソリューション(ソフトウェア、ハードウェア)
製品名 | 計算化学ソリューション(ソフトウェア、ハードウェア) |
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メーカー | HPCシステムズ株式会社 |
メーカーロゴ | |
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資料 |
概要
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計算化学シミュレーションのソフトウェア(Winmostar、Gaussian16、GRRM23等)、及び ハイパフォーマンスコンピューター、システムインテグレーションを行ないます。
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計算化学、マテリアルズ・インフォマティクス(MI)等の技術力で、強力な共同研究・支援・計算能力を提供いたします。
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システム構築・保守サポートから、研究支援まで、お客様のご要望に応じたトータルなソリューションをご提案いたします。
※ Winmostarは株式会社クロスアビリティの商標または登録商標です。
環境構築可能アプリケーション一例
Winmostar |
Gaussian 16 | GRRM23 | Reaction plus Pro2 |
シミュレーションをすべての化学者に。 統合的な GUI ベースの計算化学環境を実現する計算化学ソフトウェア |
電子状態計算や計算化学モデルについて最先端の手法や技術を提供 |
1つの分子から生じうる化学反応経路を、網羅的、自動的に探索できる画期的な計算プログラム | 反応物と生成物と指定するだけで自動的に反応系の計算ができる |
バイオ・創薬ソリューション
計算化学ソフトウェアWinmostarを用いて計算可能な事例を、一例としてご紹介します。
IR・ラマン計算とその解析
酢酸エチル、スチレン分子について、Winmostar で計算入力ファイルを作成して、B3LYP/6-311G**レベルで構造最適化及びIR・ラマンの量子化学計算を行いました。その計算結果ファイルをWinmostarで読み込み、スペクトル図にして、実験データと比較しました。IR・ラマンともに実験スペクトルをほぼ再現しています。
NMR化学シフト計算とその解析
ベンズアルデヒド分子について、Winmostarで計算入力ファイルを作成して、PCM法でクロロホルム(CHCl3)溶媒効果を加えたB3LYP/6-311G**レベルで構造最適化、NMR化学シフトの量子化学計算を行いました。その結果ファイルをWinmostarで読み込み、¹H及び¹³C NMR化学シフトスペクトル図にして、実験データと比較しました。¹H、¹³Cどちらの計算も実験スペクトルをよく再現しています。
UV-Vis計算とその解析
インディゴ及びインディゴ誘導体について、Winmostarで計算入力ファイルを作成して、PCM法でクロロホルムの溶媒効果を加えたB3LYP/6-311G**レベルで構造最適化、TDDFT法で励起状態の計算を行いました。その結果をWinmostarで読み込み、UV-Visスペクトル図を作成しました。計算から得られた第一吸収ピークの波長とクロロホルム溶媒の実験値を比較し、傾向の一致を確認しました。電子の広がりとそのエネルギー、立体的な影響を計算から解析して、希望する吸収波長や色を持つ新たな分子設計の指針を立てることができます。
分子動力学計算による溶解度パラメータの評価
ある物質が別の物質の中に溶けやすいか否かを評価することは、様々な場面で重要となります。
ヒルデブラントの溶解度パラメータは、蒸発熱を比体積で規格化した値です。力場さえ割り当てられれば分子動力学計算から算出することができます。Winmostar上で各種低分子化合物のパラメータを計算した場合、文献値の結果をある程度再現していることが分かりました。通常、物性値の算出作業は煩雑で大きな作業コストを伴いますが、Winmostarを用いるとマウス操作のみで手軽に実行でき、作業を大幅に効率化できます。
密度汎関数タイトバインディング法によるプロトン拡散係数の計算
プロトン移動反応は、酸・塩基反応、生体中の酵素触媒反応など化学の幅広い範囲における重要な素過程です。
半経験的量子化学計算の一種である密度汎関数タイトバインディング(DFTB)法と、高速化手法である分割統治法を組み合わせたDCDFTBMDプログラムを用いて、水中におけるプロトン拡散を解析しました。その結果、実験値と近い値を取ることが確認されました。
通常、複数の計算からなるMDの実施やソルバ間でのデータコンバートは煩雑で大きな作業コストを伴いますが、Winmostarを用いると作業を大幅に効率化できます。
導入事例
実験と計算の架け橋を目指して
~分子レベルの理解に基づく新しい分子性不斉触媒の開発~
新しいマテリアルサイエンスを開拓するためのパラダイムシフトを創出
~「理論・実験・データ科学」の異分野融合~